Die Ursprünge der organisierten Freimaurerei sind, aus heutiger nicht-mystischer, wissenschaftlicher Perspektive, in den englischen Dombauhütten des Mittelalters zu finden, zunftähnlichen Vergesellschaftungen, in denen hauptsächlich Steinmetze und Maurer sowie Angehörige verwandter Berufsgruppen organisiert waren. Der Name „Loge“ für die Orte wie auch die Organisationen der Freimaurerzusammenkünfte stammt vom englischen „Lodge“ (als Bezeichnung für die Bauhütten) . Die erste erhaltene schriftliche Erwähnung des Wortes „Freemason“ (entspricht dem deutschen „Freimaurer“) gibt es in einer Urkunde von 1376 als Berufsbezeichnung.
Zwischen dem 16. und 17. Jahrhundert, als die Zeit der großen kirchlichen Bauwerke zu Ende ging, begannen die Logen jedoch zunehmend auch „Nicht-Werkmaurer“, also keine Freimaurer in der ursprünglichen, handwerklichen Bedeutung aufzunehmen. Dabei handelte es sich auch um adlige Gönner und Wissenschaftler. Dies war der Übergang zur eher esoterisch, moralisch und stark symbolisch geprägten „spekulativen Maurerei“ . 1723 wurden die „Anderson’schen Konstitutionen“ veröffentlicht, in denen dieser Bedeutungswandel dokumentiert wurde. Diese „Alten Pflichten“ werden auch heute noch offiziell und verbindlich als geistig – moralische Grundlage der Freimaurerei gesehen. Sie beinhalten etwa den Glauben an ein höheres Wesen und genaue Regeln zum „Verhalten des „Bruders“ innerhalb und außerhalb der Logen“ und fordern zu „sittliche[m] Lebenswandel“, „Achtung vor der Obrigkeit und Gehor-sam gegen die Gesetze des Staates, in dem man lebt“ auf .
Vermutlich 1717 schlossen sich fünf englische Logen zur ersten übergeordneten „Großloge“ zusammen und ab den 1730er Jahren begann sich die Freimaurerei auch auf dem ganzen kontinentalen Europa rasch auszubreiten. Ähnlich wie bei anderen Formen der Vergesellschaftung während der Aufklärung waren die Hauptträger der Bewegung vor allem im neuentstandenen beziehungsweise neuverstandenen Bürgertum zu finden, das sich zunehmend von den Prinzipien der noch allerorts vorherrschenden ständischen Gesellschaften emanzipieren wollte. Allerdings wurden in den überall entstehenden Logen auch schon früh aufgeklärtere Adelige und Monarchen wie Friedrich II. von Preußen Mitglieder .
Im Laufe des 18. Jahrhunderts kam es allerdings innerhalb und zwischen den Logen zunehmend zu Diskussionen über die „richtige“ politische und ideologische Ausrichtung. Es folgten zahlreiche Auf- und Abspaltungen der „Brüder“ in esoterisch-mystische bis radikal-politsche Richtungen (wie die heute von Freimaurern stets als pseudo-freimaurerische Vereinigung bezeichneten „Illuminati“) und Differenzierungen der Formen und Rituale. Im Jahr 1782 versuchte ein internationaler Freimaurerkongress in Wilhelmsbad bei Hanau zu einer wiedervereinigenden Neuordnung zu finden und zunehmend hierarchisierende Tendenzen (die Einführung von sogenannten „Hochgraden“) innerhalb der sich eigentlich als Gruppen von gleichgestellten Brüdern verstehenden Logen zu beenden. Dabei zeigten sich drei Hauptgruppen in der Freimaurerei: Die hermetisch-alchemistisch orientierten Strömungen, die mystisch-spiritualistisch-martinistischen aus Frankreich und die Rationalisten und Aufklärer. Die Freimaurer einigten sich schließlich mit der Gründung des sogenannten „Eklektischen Bundes“ auf eine dreistufige Hierarchie („Lehrlings-“, „Gesellen-“ und „Meistergrad“) und die Übernahme eines christlich-theosophisch-martinistischen Systems.