Bereits zu Zeiten der ersten Freimaurerlogen entstanden jedoch auch Gerüchte und Spekulationen über die Freimaurer. Der geschlossene Charakter der Logen und sicher auch eine teilweise überhöht wirkende Selbstdarstellung vieler Logen mit ihrer stark symbolisch aufgeladenen Sprache und geheimnisvoll anmutenden Riten mag dabei eine verstärkende Wirkung gehabt haben.
Die herrschenden Stände – der Klerus und der absolutistische Adel – begannen bald diese neue Form der Vergesellschaftung und ihre propagierten Werte kritisch zu beäugen.
Die Bulle „In Eminenti“ und die offizielle Position der katholischen Kirche
Im Laufe der zunehmenden Popularität und Ausbreitung der Freimaurerlogen im Europa des 18. Jahrhunderts kam es bald zur Auseinandersetzung des höchsten Organs der katholischen Kirche mit dem Logenwesen und den freimaurerischen Prinzipien. 1738 erfolgte die erste öffentliche Verurteilung der Freimaurerei durch Papst Clemens XII. in der Bulle „In Eminenti Apostulatus Specula“. Zahlreiche weitere Bullen ähnlicher Art sollten bis zum Ende des 19. Jahrhunderts folgen. Katholiken, die Freimaurerlogen angehörten, sollten mit dem Kirchen-bann belegt werden.
Im Wörterbuch des kanonischen Rechts sind nach Steffens drei Hauptgründe für die Verurteilung der Freimaurerei angeführt:
- Der geheime Charakter der Freimaurerei
- Der unerbittlich strenge[n] Eid der ihren geheimen Charakter bei maurerischen Handlungen schützt und der von den neuen Mitgliedern bei ihrer Zulassung gefordert wird
- Der störende Charakter ihrer Tätigkeiten, die in heimlichen Anschlägen gegen die Kirche und gegen die gesetzmäßige zivile Gewalt ausgeführt werden.
Auch die Bulle „In Eminenti“ nennt vordergründig die Verschwiegenheit der Freimaurer und die Geheimhaltung ihres Brauchtums, sowie ihre religiöse Toleranz. Allerdings kamen hier vermutlich auch machtpolitische Erwägungen dazu. So sollte, laut Holtorf, etwa die katholische Stuart – Dynastie gegen das protestantische Haus Hannover gestützt werden. Ebenso müsse dabei berücksichtigt werden, dass sich die italienischen Freimaurerlogen für die Einigungsbewegung stark machten, was nicht im Sinne des Kirchenstaates war .
Bieberstein nennt als Hauptpunkte für die katholische Verschwörungsfurcht die Angst vor einer Aushöhlung der Rechtgläubigkeit und die Infragestellung der kirchlichen Hierarchie.
Allerdings hatte das Verbot von 1738 nur in wenigen Staaten praktische Auswirkungen, da die meisten Monarchen, in deren Macht die Veröffentlichung und damit gesetzliche Durchsetzung solcher Regelungen stand, die Bulle schlicht nicht bekannt machten. Vorerst sah die weltliche Regentschaft offenbar noch keine große Gefahr. Zudem konnten die Logen als Geheimgesellschaften auch einfach unter neuem Namen weiterexistieren.