Die Französische Revolution, die sich offen zu aufklärerischen Ideen bekannte und unter deren Hauptfiguren etliche Freimaurer waren, brachte dann den endgültigen Schock und die weitere vermeintliche Bestätigung für die vermuteten und inzwischen weit verbreiteten Vorstellungen von gefährlichen Umtrieben der Freimaurer. Ihnen wurde schnell die Anzettelung der Revolution vorgeworfen, allerdings gab es zunächst noch keine wirklich systematische Konstruktion einer Verschwörungsthese. Die zunächst kurzzeitig versuchte Beweisführung über die Vernehmung des Hochstaplers Cagliostro, des angeblichen Oberhauptes einer neuen Illuminatengruppe, durch das päpstliche Inquisitionsgericht brachte keine ernstzunehmenden Ergebnisse. Das Misstrauen und der Anzettelungsverdacht blieb aber.
Die klassische, international wichtigste und systematischste Verschwörungsthese im Zusammenhang mit der Französischen Revolution, die antifreimaurerische Schriften noch bis ins 20. Jahrhundert beeinflussen sollte, kam von dem französischen Abt und Ex-Jesuiten Augustin Barruel (1741 – 1820) in Form seiner „Memoires pour servir à l’histoire du Jacobinisme“ von 1797. Kernpunkt war die These einer dreifachen Verschwörung gegen die Sozialordnung: In der ersten Phase hätten sich die Philosophen gegen jede Art der christlichen Religion verschworen um diese zu zerstören. Dies sei „die Verschwörung der Sophisten des Unglaubens und der Gottlosigkeit“ gewesen. In der zweiten, darauffolgenden Phase hätten die Freimaurer die Verschwörung zusätzlich gegen die Monarchie gewandt. Dies sei auch das Geheimnis der Hochgrade gewesen . In der dritten Phase schließlich hätten die Illuminaten dominiert, die sich gegen jegliche Religion, Regierung und gesellschaftliche Ordnung gestellt hätten.